Recoltarea materiilor fecale pentru coprocultura trebuie făcută înainte de începerea tratamentului cu antibiotic, iar pentru controlul eficienței tratamentului antibiotic se recoltează după 5 zile de la ultima doză administrată.
Recoltarea se face în recipiente speciale, care conțin un gel/mediu de transport, din proba emisă spontan. Se alege o porțiune cu mucozități, consistență mai moale și se ia o cantitate cu lingurița coprocultorului, după care se introduc în mediul de transport și se amestecă pentru a asigura viabilitatea microbilor.